医疗损害赔偿案件的管辖权，涉及级别管辖和地域管辖两种。按照《民事诉讼法》第22、24、和29条的规定，对医疗损害赔偿案件来说：
 
——对具有独立法人资格的医疗单位，医疗损害赔偿案件由医疗机构所在地人民法院管辖；——对医疗单位设在外地的分部、医疗点，若该分部、医疗点具有法人资格和独立的医疗机构执业许可证等证书，由分部、医疗点所在地人民法院管辖。若分部、医疗点没有独立法人资格，则由医疗单位所在地人民法院管辖。
——对解放军、武警部队向地方开放的医疗单位，在医治地方伤病员过程中发生的医疗事故，由军队医疗单位所在地人民法院管辖。这是我国现有法律医疗损害案件管辖的基本规定。
——对游医或因差错事故而逃逸的个体行医者，由游医、逃逸个体行医者现住所地或经常居住地法院管辖。
——对联合办医或协助办医的，由发生差错事故的医疗单位所在地人民法院管辖。
——对个体行医者，由个体诊所所在地人民法院管辖。
 
在几个法院都有管辖权的情况下，原告可以选择有管辖权的法院起诉，有管辖权的法院都可以管辖，先受理立案的人民法院为实际管辖法院。管辖法院不得违反级别管辖的规定，即一般情况下，受理法院是基层人民法院，但是不排除根据当地规定和案件的实际标的额而由上级人民法院管辖的可能。