为实现国务院制定的“2009年各省（区、市）30%基层公立医院实施基本药物制度”的目标，财政将对基本药物零差率的基层医疗机构进行补贴，但是遭遇到地方财政上的压力。财政部为此正在酝酿由财政部门单一补偿，改为财政部门和医保基金等多头补偿。
　　然而目前的现实情况是，全国的医保基金结余一直居高不下，尤其是城镇职工医保，结余率不仅没有下降，反而连续6年从17.8%逐年攀升至31.4%。尤其是2008年的统筹基金（不含个人账户）结余率竟高达34.6%，这些都远远高于世界各国10%结余率的惯例。
　　在全民医保的情况下，医保基金的高结余率，使得老百姓没有能够完全受益。
　　财政部高层认为，取消药品加成，患者的医疗费用开销就会降低，实际上大大减少了各项医保基金的支出，增加了基金结余。
　　但是镇江医保中心的工作人员对此说法进行了否定，“医保基金的管理有严格规定，需按照人头和医疗服务量来进行支付，不能直接转移补贴医疗机构。另外，医保基金也没有能力补贴医疗机构取消药品加成后的差额。”
　　“事实上，基本药物制度的执行，虽然取消了加价，但是使用范围广了，医保基金支付也会比过去有所增加。”熊茂友表示。
　　———摘自《第一财经日报》